קיומה של יחידה לביקורת פנים היא בבחינת חובה החלה על כל גוף ציבורי. חובה זו מעוגנת בחוק ביקורת הפנים. יחידת המבקר והממונה על תלונות הציבור מונה ארבעה גורמים עיקריים העוסקים בביקורת ובתלונות הציבור:
יחידת הביקורת - עוסקת בעריכת ביקורות מערכתיות בנושאי המשטרה והשב"ס, ובהתייחסויות לדוחות מבקר המדינה ודוחות גורמי חוץ (לשכת עורכי הדין, מבקרים רשמיים, הסנגוריה הציבורית ועוד).
היחידה לתלונות הציבור – עוסקת בבירור תלונות ופניות המגיעות מהציבור אל המבקר ישירות או אל השר, סגן השר, המנכ"ל, יחידות אחרות למשרד.
יחידת ביקורת מבצעית – מבצעת ביקורות מבצעיות בנושאים ספציפיים, ביחידות המשטרה והשב"ס בכדי לקבל נתונים ותמונת מצב עדכנית על הנעשה ביחידות השטח, בנושאים הספציפיים שהוגדרו.
קצין תלונות אסירים – מטפל בתלונות מצד אסירים ועצורים, בני משפחותיהם או עורכי דינם וכן עורך ביקורות על פי הנחיית מבקר המשרד.