קצין תלונות אסירים ועצורים מטפל בתלונות ובפניות מצד אסירים ועצורים, בני משפחותיהם ועורכי דינם אשר נשלחות למשרד לטיפול (לפעולה להבדיל מ'העתק לידיעה'), במגוון רחב של נושאים.
קצין תלונות אסירים ועצורים כפוף למבקר המשרד לבט"פ ועורך ביקורות בבתי סוהר ובבתי מעצר על פי הנחיית מבקר המשרד לבט"פ.

תלונות ניתן להגיש בכתב, באמצעות הדואר, הפקסימילה או הדוא"ל (או באמצעות הטלפון- רק לבעלי קשיים בקריאה ובכתיבה או במקרים דחופים).
כל אסיר רשאי לפנות לקצין תלונות אסירים במעטפה לבנה סגורה, אשר תועבר למבקר המשרד.

תחומי הטיפול של קצין תלונות אסירים ועצורים הינם במגוון רחב של נושאים הקשורים לזכויות האסירים והעצורים, על פי חוק.

ככלל, תלונות הקשורות לשירות בתי הסוהר, מועברות לקצינת פניות ציבור של שב"ס.
במקרים מסויימים ובאישור מבקר המשרד מתבצעת בדיקה באופן אישי.

פירוט נרחב יותר בדבר תחומי הטיפול ודוגמאות לתלונות אסירים ניתן למצוא תחת נושאים בטיפול היחידה לתלונות הציבור וכן תחת דוגמאות לתלונות ציבור.