המגרש המיועד להקמת בניין מטה מחוז ש"י נמצא במתחם E1 במעלה אדומים. המגרש ממוקם על כיפה ומדרון משופע לכיוון דרום-מזרח, כ- 1.5 ק"מ מצפון לצומת אדומים וכ- 4 ק"מ מדרום-מערב למחלף מישור אדומים. בשל מיקום האתר מהווה הבניין נקודת ציון בכניסה הדרומית לירושלים ונראה לכל מי שמגיע לירושלים מכיוון ים המלח.
שטח המגרש המיועד להקמת הפרוייקט הינו כ- 14 דונם שהכניסה אליו מהקצה הדרום-מזרחי. תכנית בניין עיר נמצאת בשלבי אישור. השטחים מסביב למגרש מיועדים לשיקום נופי ומעבר למגרש מתוכננת שכונת מגורים שבמרכזה מטה המחוז.

מבנה מחוז ש"י נבנה בשטח של כ- 5,400 מ"ר ומחולק לשני מבנים עיקריים. המבנה הראשי, כולל בתוכו את מרבית הפונקציות ולו מבנה כניסה המשמש כניסה וסינון לתוך המתחם. במבנה הראשי נמצאים המשרדים וקבלת קהל של את"ן יהודה. בין מבנה הכניסה והמבנה הראשי ישנה שדרת הולכי רגל המקשרת בניהם. כמו כן ישנם כ- 280 מקומות חניה למורשי כניסה בתוך המתחם.

המבנה הראשי מורכב מקומת קרקע ומעליה שלוש קומות עם אופציה לבניה בעתיד של עוד שתי קומות. המבנה בנוי סביב לפטיו המספק את  ה"חוץ הפרטי" – מוגן ומוצל כמו בבניה המסורתית המדברית ומשמש לרווחת השוהים בבניין. סביב הפטיו מרוכזות הפונקציות הציבוריות המשמשות את כלל העובדים. מעבר לפטיו ישנו "סקיילייט" שמכניס אור טבעי פנימה מעל לכניסה לחדר האוכל. חדר האוכל בקצה המבנה בנוי בצורה מעגלית ומקבל נוף פנורמי לכיוון דרום-מזרח. כמו כן נהנים מפתיחות לנוף: הקנטינה, המועדון והכיתות.  באגף האחורי נמצאים המחסנים ואגף יס"מ הדורשים איזורי פריקה.