מצילה פועלת באמצעות מטה מצילה, מנהלי אזור ורכזי מצילה, המוצבים ב-62 ישובים מהמגזר היהודי והלא יהודי. בכל ישוב כזה, מחצור הגלילית בצפון ועד אילת בדרום, מקדם רכז מצילה היערכות קהילתית למאבק בפשיעה ובאלימות, על ידי תיאום בין הארגונים בקהילה ותוך מעורבות פעילה של התושבים. מצילה מאמינה כי המאבק בפשיעה ובאלימות צריך להיעשות ברמה היישובית, שם נמצאים המשאבים והיכולת המקצועית. פעילות מצילה נעשית בשיתוף פעולה עם משרדי ממשלה וגופים אחרים.

כל רכז מצילה פועל ביישובו, באמצעות מינהלת מצילה שליד הרשות המקומית.
בראש המינהלת עומד ראש הרשות או מי שהוסמך על ידו בעירייה. לאחר בניית תמונת עדכנית של הפשיעה בישוב, מתכנסת מינהלת מצילה לדון בבעיות האלימות והפשיעה ולקבוע תכנית עבודה שתיתן להן מענה. לכינוס המנהלת שותפים נציגי אגפי החינוך, הרווחה והביטחון בעירייה, נציגי ועדות רלוונטיות, מפקד תחנת המשטרה, מנהלי בתי הספר, מטה מצילה ונציגי ציבור.
רכז מצילה ומנהל האזור מלווים את הפעלת התכניות למניעת אלימות ופשיעה ביישוב ובוחנים את התוצאות.

דוגמאות לפרויקטים של מצילה:

• תכניות למניעת אלימות וונדליזם ומדריכי מניעת אלימות בבתי הספר, בגני ילדים ובהסעות תלמידים  (בכפר סבא, באשקלון, במ.א. עמק יזרעאל, בנצרת עילית באלפי מנשה, במעלה אדומים).
• סדנאות לפיתוח מנהיגות בקרב נוער נורמטיבי (בקרב העדה האיתיופית בקרית עקרון, קרית שמונה והשתלמויות נוער מצילה ארציות ואזוריות ).
• סדנאות בבתי"ס למניעת חיזור אלים בקרב בני נוער (בת"א, בנתניה).
• העצמת בני נוער שנשרו ממוסדות חינוך, נוער בסיכון ונוער מנותק בקהילה, ע"י סדנאות  וספורט אתגרי (בערד, במ.א. חוף אשקלון, באור עקיבא, בנתניה, בחיפה, בכפר סבא, בירושלים ובכפרי נוער).
• מניעת פשיעה ואלימות בקרב נוער באמצעות אמנות (בשוהם, בחיפה, ברמת השרון, בכפר הנוער קריית יערים).
•  מועדוני נוער בקהילה (בכרמיאל, בת"א).
•  פרויקט מיוחד של "עיר נוער", לטיפול בנוער בסיכון ובנוער נורמטיבי (ברחובות, בשוהם).
• סיירת ילדים ומבוגרים למניעת וונדליזם בקהילה (בשוהם, בכפר סבא, באריאל).
• משמר שכונה למניעת פשיעה ואלימות (בחיפה, ברמת השרון).
• סיירת נוער להגנה על קשישים בקהילה (ראשון לציון, אשדוד).
•  חוגי הורים ובי"ס להורים, (בערד, באשקלון, בביר אל מכסור); ימי עיון וקורסים למורים (בכל היישובים ולאחרונה גם בפזורה הבדואית ליד ערד).

פעולות מצילה למניעת פשיעה ואלימות מביאות בהחלט לשינוי:

• להורדת רמת האלימות ושיפור האקלים בבית הספר.
  בכפר סבא (פרויקט תל"ם), באלפי מנשה (תכנית הרא"ל, ירידה של 40% ברמת האלימות ושיפור של 60% בתפקוד התלמידים), בנתניה (ספורט אתגרי-ימי).
• לצמצום נשירת תלמידים מבתי ספר.
  בחיפה (אימוני צלילה לנוער בסיכון), בערד (קורס סנפלינג), בכפר סבא (בית ספר לכדורגל ופרויקט תל"ם), בנתניה (אימונים ימיים לנוער בנשירה הביאו להעברת תלמידים מכיתת הכוון לכיתת בגרות), באלפי מנשה (קבוצת המוסיקה מתמידה באימונים), בתל אביב (פעילות במועדון בשכונת ביצרון).
• להתגייסות תלמידים לפעילות בקהילה
  בערד (בוגרי קורס הסנפלינג עזרו בשיפוץ מבנה שניזוק כתוצאה ממעשי הרס מכוונים), בתל אביב (פעילות הנערים במועדון בשכונת ביצרון), בשוהם (סיירת לאיתור מפגעים סביבתיים), בקריית שמונה (במוקד העירוני).

• לירידה בתופעת פשיעה, אלימות וונדליזם בקהילה
  באשדוד (הגנה על קשישים), ברמת השרון ("מושבה בטוחה"), במ.א. עמק יזרעאל (הסעות תלמידים), באריאל (פעילות בקרב נוער).
  
  

• לבניית מסגרות לפעילות ולתמיכה בנוער מנותק
  בערד (קורס חילוץ משולב בהדרכות), בכפר סבא (אילוף כלבים), בכרמיאל ובתל אביב (מועדון נוער), בשוהם וברחובות (עיר נוער).
•    לירידה במספר התיקים במשטרה של נוער מנותק
  בערד, בשוהם (מ- 22 תיקים בספטמבר 2002 לתשעה תיקים כעבור חצי שנה).

• לעלייה בשיעור המתגייסים לצבא
  באור עקיבא (כל 20 המשתתפים בפרויקט התגייסו ליחידות קרביות ומובחרות), בתל אביב (בני הנוער במועדון בשכונת ביצרון), בערד (בוגרי קורס החילוץ).